Grupa o nazwie Shinkansen Ultra Evolution Institute badała niedawną falę ataków potworów, które miały miejsce w Japonii po pojawieniu się tajemniczego Czarnego Shinkansena. SUEI miało główną broń do walki – Shinkaliony, pociągi kulowe, które mogą przekształcić się w gigantycznego mecha. Pewien chłopiec, Hayato Hayasugi, był wielkim fanem pociągów i natknął się na tajną pracę swojego ojca dla SUEI. Co zaskakujące, Hayato wkrótce został kierowcą Shinkalion! Będąc prawdopodobnie największą szansą Japonii na przetrwanie, Hayato i inne dzieci biorą na siebie wielką odpowiedzialność za walkę z nieziemskimi wrogami. Teraz z kosmosu przybył nowy gigantyczny wróg, który chce podbić planetę. Chociaż SUEI ma nowy prototyp Shinkalion, znany jako ALFA-X, aby podjąć walkę, ojciec Hayato, Hokuto, znika. 9-letnia wersja Hokuto przeskakuje w czasie do teraźniejszości, aby pomóc w walce z atakującymi z kosmosu i jeździ ALFA-X! (Źródło: tryb Tokyo Otaku)