Satoshi, Iris i Dent kontynuują podróż po regionie Isshu. Po pomyślnym zdobyciu ósmej i ostatniej Odznaki Sali przeciwko Homice w Tachiwaki City, Shirona zaprasza wszystkich do swojej willi we wschodnim Isshu, gdzie przebywa również stary przyjaciel Hikari i gdzie biorą udział w Pucharze Świata Juniorów w Pokémon World Tournament, po czym Satoshi uczestniczy w Lidze Isshu. Tymczasem Zespół R inicjuje swój ostateczny plan dla regionu Isshu – jaki jest ich cel w pragnieniu zdobycia legendarnego Pokémona Meloetty?