
W roku 2012 Japonia została najechana przez Mu. Istoty podobne do ludzi z innego wymiaru z błękitną krwią. W roku 2015 Tokio zostaje zaatakowane przez najeźdźców, których odpiera humanoidalna broń zwana Dolem. Podczas chaosu Ayato Kamina spotyka Reikę Mishimę, koleżankę z klasy. Tego samego dnia zostaje zaatakowany przez urzędników rządowych, ale kobieta o imieniu Haruka przybywa mu na ratunek, informując go, że została wysłana po niego przez Organizację TERRA i że Tokio zostało zapieczętowane w szczelinie czasowej, w której czas płynie jedną trzecią szybciej niż świat zewnętrzny. Ucieka przed Haruką do pociągu, gdzie ponownie widzi Reikę. Po przybyciu do Pokoju Rah podąża za nią do ogromnego jaja, z którego wykluł się Dolem RahXephon, a gdy śpiewa, jego matka pojawia się na szczycie Dolemu, który powstrzymał inwazję TERRA. W bitwie matka Ayato zostaje ranna, a Ayato ucieka z Tokio Jupiter z Haruką, widząc błękitną krew swojej matki.