Akcja filmu rozgrywa się dwa lata po oryginalnym Last Exile. Ludzkość powróciła na Ziemię po wygnaniu trwającym pokolenia, a jedyny naród, który pozostał na Ziemi podczas wygnania, toczy teraz wojnę z tymi, którzy powrócili. Fabuła opowiada o podniebnych piratach Famie i Giselle, którzy ratują księżniczkę i przyłączają się do niej w ratowaniu jej królestwa i zaprowadzeniu pokoju.