Jest rok 21XX. Reploidy są teraz powszechne, po tym jak dr Cain ponownie odkrył stare laboratorium doktora Lighta i oparł kilka projektów na oryginale Dr. Lighta, zwanym „Megaman X”. W międzyczasie X dołączył do Łowców Mavericków i współpracuje z dowódcą jednostki Zero pod dowództwem generała Sigmy. Ich zadaniem jest eliminacja zbuntowanych reploidów, czyli tych, którzy stali się agresywni. (Źródło: Anime News Network)