
Yu-gi-oh! Pojedynek potworów koncentruje się wokół podróży ducha starożytnego egipskiego faraona, który próbuje ponownie odkryć, kim był wiele lat temu, odkąd stracił wspomnienia. Z pomocą chłopca, Yugi Mutou, tego, który obudził Ducha i jego przyjaciół, walczy z wielu złoczyńców i przeciwników. Wielu złoczyńców było powiązanych z przeszłością bezimiennej faraona, ze względu na tysiącletnią łamigłówkę, którą posiada, i wielu próbuje odebrać mu puzzle i jego moc. Seria koncentruje się na aspekcie gry karcianej, a głównym tematem reprezentowanym w całej serii jest przyjaźń.