
Ayato Kamina został oddzielony od dziewczyny, którą kochał, Haruki Mishimy, kiedy miało miejsce wydarzenie, w wyniku którego, jak sądzono, zginęli wszyscy poza Tokio. Ale pewnego dnia, trzy lata później, najeźdźcy nagle zaatakowali miasto. Wtedy właśnie spotyka agentkę TERRY, Harukę Shitow, która mówi mu, że przekaże mu prawdę o świecie. To początek serii dziwnych wydarzeń, które obejmują aktywację gigantycznego mecha, RahXephona i odkrycie, że wiele osób, w tym jego własna matka, ma błękitną krew i że w rzeczywistości żył w zamkniętym w sobie wymiarze, w którym czas płynie wolniej niż w świecie zewnętrznym. (Źródło: Anime News Network)