Akcja Shingeki no Bahamut: Genesis – Short Story rozgrywa się po wydarzeniach z sezonu 1. Pierwsze opowiadanie skupia się na Favaro i Kaiserie pomiędzy wydarzeniami z pierwszej i drugiej serii. Drugie opowiadanie koncentruje się na Kaiserze i Jeanne pomiędzy wydarzeniami z pierwszej i drugiej serii.